千岛湖区域有19条流域，淳安县任命了19个“流域长”专门管理水质，最新监测显示千岛湖水质符合一类标准。

近年，千岛湖水域出现了一些不容忽视的问题：水质开始退化，富营养化程度缓慢加重。全湖平均富营养化水平由原来的贫营养逐步向中营养水平转变。

2011年10月，中国环境科学院6名“博士团”调研组成员就千岛湖水环境保护工作进行调研后认为，淳安县以流域为管理单元，创新源头保护机制。

淳安县针对区域分散的特

环保部门建立了县境流域入湖水质考核管理办法，并对流域入湖水质开展常规监测工作。考虑千岛湖保护的特殊性，监测内容在高锰酸盐指数、氨氮和总磷3项指标的基础上增加了总氮、可溶性硅等项目。

同时，淳安县全面启动了农村生活污水处理工程建设，全县所有的乡镇政府所在地，都实现了生活污水处理设施全覆盖；全县425个村已经建成村级生活污水处理设施338套、户用沼气池一万多座，农村污染源头治理工作有效开展。

淳安县还投资8000余万元建成标准化填埋场，完成全县23个乡镇垃圾中转站的维修、改建或新建工作，实现全县农村生活垃圾收集和中转处置设施全覆盖。

通过一系列举措，千岛湖水环境质量有了明显改善。

2011年11月的监测显示，千岛湖水质符合一类标准。富营养化综合指数为28，比上年同期的31.8有所下降，千岛湖富营养化状况得到控制。